In de 17e eeuw Piepenree, in 1811-13 Piperei en 1851-55 de Pieperij. De betekenis kan zijn afgeleid van een duiker (piepe), die in een waterleiding (rie) was geplaatst om overtollig water naar de Reest af te voeren: pypenrie (verbasterd tot pieperij). Ongeveer 5 km zuidoostelijk van de Pieperij, bij de kruising van de oude weg Balkbrug-Zuidwolde met de Reest, komt de naam 'De Steenen Pijp' voor met de aanduiding (Br.). Op de plaats van deze brug heeft kennelijk vroeger een duiker gelegen.

Pieperij gaat momenteel terug naar de natuur: de woeste grond, door de Heidemij in cultuurgrond omgezet, wordt thans aangekocht door Het Drentse Landschap. Dit houdt in, dat landbouwers niet meer mogen maaien vóór 1 juni en ook geen kunstmest meer mogen gebruiken.