Drenthe heeft tal van havens gehad waarvan sommige nog steeds worden gebruikt.
De meeste havens waren klein en dienden hoofdzakelijk voor de aan- en afvoer van turf en landbouwproducten. In veel dorpen langs de vaarwegen, zoals Smilde, legden de schepen direct aan in het kanaal en waren er geen gegraven havens aanwezig. Dit gold feitelijk ook lange tijd voor de schippersstad Meppel. Hier lagen de schepen langs het Meppelerdiep, de Drentsche Hoofdvaart of midden in het stadscentrum langs de grachten. De eerste 'echte' haven, de buitenhaven in de oude loop van het Meppelerdiep, ook wel 'nieuwe haven' genoemd, werd pas op 16 oktober 1928 in gebruik genomen. De Schuttevaerhaven werd sinds 1934 voornamelijk als woonschepenhaven benut maar diende aanvankelijk als balkengat voor de naastgelegen houtzaagmolen.
Aan het Meppelerdiep, net buiten de provinciegrens in Overijssel, werd in 1994 een grote wachthaven aangelegd voor binnenvaartschepen. De nieuwste haven, de Sethehaven, werd in gebruik gesteld in 2001 en ligt op het natte industrieterrein Oevers-D. Naast deze gegraven havens leggen er ook talloze schepen aan in het Meppelerdiep, bijv. bij de Containerterminal MCS, en langs de Drentsche Hoofdvaart.
In het scheepvaartcentrum Hoogeveen meerden de schepen vanouds af langs de kanalen in het centrum. Na de demping van alle vaarwegen en wijken was dat afgelopen. Speciaal gegraven havens zijn er in Hoogeveen nooit geweest. In een deel van de oude loop van het Noordsche Opgaande werd in de tweede helft van de 20e eeuw de Industriehaven aangelegd.
In Coevorden komen diverse kanalen bij elkaar, zoals het Coevorden-Vecht-kanaal, het Stieltjeskanaal, het Kanaal Coevorden-Zwinderen en het Alte-Picardiekanaal. Het is dus niet verwonderlijk dat Coevorden in het centrum een oude haven heeft. Deze wordt nog steeds gebruikt voor de recreatievaart. Eind 2002 werd langs het Coevorden-Vecht kanaal de Europarkhaven in gebruik genomen. Op 6 januari 2003 arriveerde het eerste vrachtschip. De haven is geschikt voor schepen tot 1000 ton laadvermogen.
Assen heeft altijd slechts één haven van betekenis gehad: de Kolk. Deze haven lag aan het eind van de Drentsche Hoofdvaart en was vanouds de vaste vertrekplaats van trekschuiten en beurtschepen op Meppel en Amsterdam.
De overige havens in Drenthe waren alle klein, sommige zelfs piepklein en alleen geschikt voor hoogstens twee of drie schepen. Sinds 1893 had Roden een haven aan het eind van het Roderkanaal die vooral gebruikt werd voor de aan- en afvoer van zuivelproducten naar de plaatselijke melkfabriek. Daarnaast was het de vaste vertrekhaven van de beurtstoomboot (zie: Stoombootdiensten) van Roden op Groningen. Rond 1970 werd deze haven gedempt. Vanuit de nog bestaande haven van Zuidlaren voer in de tweede helft van de 19e eeuw vanaf het veerhuis een vaste stoombeurtdienst op Groningen. Roderwolde heeft sinds ca. 1852 een haventje tegenover de olie- en graanmolen Woldzigt. Dit haventje ligt aan het eind van de Schipsloot en leidt naar het Peizerdiep. In de haven werd graan aangevoerd uit de Groninger kleistreek. De lijnolie werd naar Groningen verscheept. Ook vanuit deze haven vertrok tot het begin van de 20e eeuw een regelmatige trekbeurtdienst op Groningen van Jan Geerts Belga. Het haventje van Peize stond eveneens in verbinding met het Peizerdiep en deed dienst van ca. 1850 tot 1950. Rond 1900 vertrok hier een regelmatige stoombeurtdienst op Groningen. Andere kleine havens waren die van Buinen, waar vooral Veenkoloniale landbouwproducten werden verscheept, en het piepkleine haventje van Eesergroen bij Ees. Deze laatstgenoemde haven lag aan het eind van een vaarverbinding met het kanaal Buinen-Schoonoord en had een loswal met zwaaikom voor het keren van schepen. Het haventje werd aangelegd in het begin van de 20e eeuw en gedempt in 1975.
Tot slot kende Drenthe enkele spoorhavens in Meppel, Hoogeveen (bij de Griendtsveenfabriek), Coevorden, Nieuw-Amsterdam/Veenoord en Zuidbarge.
