Organisatievorm van de kerken, voor zover zij met de overheid en het gemene recht in aanraking komen.
Bij wet van 1853 werd het toezicht van de overheid op de kerkgenootschappen geregeld, waarbij volkomen godsdienstvrijheid werd toegestaan, maar wel beperkingen werden gesteld betreffende inrichting en bestuur.
Rooms-Katholieke Kerk - Grondpijlers voor het bestuur van de kerk zijn de bisschoppen, in de katholieke leer de opvolgers van de apostelen. Zij bezitten het 'opperherdersambt' in een diocees, een bisdom. De paus wordt sinds 1059 gekozen door kardinalen, zijn voornaamste raadgevers. Tegenwoordig is de aartsbisschop van Utrecht ook kardinaal. Nederland kent thans de zeven bisdommen Utrecht, Haarlem, Groningen, Rotterdam, Den Bosch, Breda en Roermond. Drenthe ressorteert onder het bisdom Groningen, dat in 1955 gecreëerd werd door afsplitsing van het bisdom Utrecht. Overigens was er in de 16e eeuw ook korte tijd een bisdom Groningen, waartoe Drenthe gerekend werd.
Na de invoering van de hervormde eredienst in 1598 was het katholicisme in Drenthe verboden. Voor de katholieke kerk was Nederland missiegebied. In deze zogenaamde Hollandse Zending werd Drenthe samen met Salland sinds 1727 beheerd door een aartspriester. De pastoor van Steenwijkerwold maakte reizen door Drenthe om te dopen en onderwijs te geven. Sinds die tijd hoefden roomsgezinden in Coevorden en elders hun kinderen niet meer te laten dopen in de hervormde kerken, maar mochten ze dat buiten de provincie doen.
Pas tegen het eind van de 18e eeuw werd het standpunt tegenover de katholieken milder. In 1786 werd het burgers en soldaten in Coe-vorden vergund de katholieke godsdienst vrij uit te oefenen. In de 19e eeuw nam het aantal staties (parochies in een missiegebied) toe: Assen, Frederiksoord, Nieuw-Schoonebeek, Veenhuizen en Zandberg werden gesticht. In 1853 werd de bisschoppelijke hiërarchie hersteld en werd Nederland een kerkprovincie met Utrecht als aartsbisdom. Het aantal parochies nam geleidelijk toe. In 1910 kon men ter kerke in Barger-Oosterveld, Emmer-Compascuum, Erica, Hoogeveen, Klazienaveen, Meppel, Munsterscheveld en Zorgvlied. Tot 2003 zijn daar nog bij gekomen Barger-Compascuum, Beilen, Emmen, Roden, Schoonebeek, Weiteveen, Zuidlaren en Zwartemeer.
Nederlandse Hervormde Kerk - De Reformatie is in Drenthe onder dwang ingevoerd door stadhouder Willem Lodewijk in 1598. Alle katholieke pastoors en schoolmeesters dienden zich van hun kerkelijke dienst te onthouden en hun goederen over te dragen aan de kerkvoogden. Ook al werden nog vele jaren activiteiten van 'papen' waargenomen, veel actief verzet is er niet geweest tegen deze hervorming. Het hervormd kerkrecht kende drie kerkelijke samenkomsten: de kerkenraad, de classicale vergadering (vergadering van predikanten in een classis) en de synode (vergaderde predikanten in het gewest). Hun taak was de bevordering van de kerkdienst, deze door hun voorbeeld onder de mensen te brengen en de predikanten, ouderlingen en diakenen de helpende hand te reiken. Daartegenover moesten predikanten, ouderlingen en diakenen de gemeente gehoorzaamheid, liefde en eerbied voor de magistraat 'inscherpen'.
De Drentse kerkenorde van 1638 was de codificatie van deze bepalingen. Predikanten en schoolmeester moesten de Heidelbergse catechismus en de leerregels van de Synode van Dordrecht van 1618-1619 ondertekenen. Scheiding van kerk en staat was er niet. De Staten van Drenthe hielden toezicht door bevestiging van de gekozen predikanten, regelmatige visitaties en het beheer van een pensioenfonds voor weduwen en wezen van predikanten.
In het jonge Koninkrijk regelde koning Willem I de kerkelijke organisatie in een Algemeen Reglement. Tegen deze afhankelijkheid van de Staat rees al spoedig verzet, dat het hevigst tot uiting kwam in de Afscheiding van 1834. Maar ook diverse richtingen kwamen binnen de kerk tot stand, van orthodox tot vrijzinnig. Drenthe kende in 1816 een Provinciaal Kerk-bestuur en drie classes: Assen, Meppel en Emmen. Het aantal gemeenten, zestien in 1600, was in de 19e eeuw toegenomen tot zo'n 50 en steeg in de 20e eeuw tot omstreeks 60. Het beheer van kerkelijke goederen en fondsen werd opgedragen aan kerkvoogden, die gecontroleerd werden door een Provinciaal College van Toezicht.
In 1951 kwam een nieuwe Kerkorde met 20 ordinanties tot stand, op basis waarvan de Provinciale Kerkvergadering het hoogste orgaan in de provincie werd. De dagelijkse leiding lag bij een moderamen.
Waalse kerken - Na de opheffing van het edict van Nantes in 1685 drong een stroom vluchtelingen uit Frankrijk door in Drenthe. De in Dwingeloo woonachtige drost Van Pallant bood hun onderdak. In 1686 werd in Dwingeloo een Waalse of Fransgereformeerde kerk gesticht, die tot ca. 1710 stand hield.
Gereformeerde kerken - In de jaren 1834-1836 trad een aantal jonge predikanten uit de Hervormde Kerk. Hendrik de Cock was in Ulrum de eerste. Zij scheidden zich af van het 'genootschap van 1816' (de officiële kerk) als wederkeer naar de nederduits-gereformeerde kerk volgens de Dordtse kerkorde van 1618-1619. Vanaf 1839 werden zij door de koning erkend.
Een tweede grote scheuring in de Hervormde kerk was de Doleantie van 1886. In 1892 verenigden de Dolerenden zich met de hoofdstroom van Afgescheidenen tot de 'gewone gereformeerden'. In 1932 waren er in Drenthe 36 gereformeerde kerken, in 1967 46. Een klein gedeelte bleef in 1892 echter afzonderlijk en noemde zich Christelijk gereformeerde kerk. In Drenthe waren er in de jaren '30 van de 20e eeuw zeven gemeenten, in 1967 acht.
Door de theologische kwestie van de sprekende slang werd de Synode van Assen van 1926 de aanleiding voor de afscheiding van de Gereformeerde kerken in hersteld verband. Deze herenigden zich in 1946 met de Hervormde Kerk.
Een kwestie over o.a. de grondslag van de kinderdoop tijdens de Synode van Utrecht in 1944 leidde tot de stichting van de Gereformeerde kerken onderhoudende artikel 31, later gewijzigd in Gereformeerde kerken (vrijgemaakt). Drenthe telde in 1967 twaalf 'vrijgemaakte' gemeenten.
Baptistengemeenten - In 1844 trad predikant Johann Elias Feisser in Gasselternijveen uit de Hervormde Kerk als voorstander van de volwassenendoop. Hij wilde zich niet verenigen met de Doopsgezinden die inzake de doop dezelfde principes huldigden. Hij richtte een gemeente van gedoopte christenen op. Feisser vertrok in 1849 naar Nieuwe Pekela, zijn baptistengemeente verhuisde spoedig naar Stadskanaal. Het baptisme had een grote aantrekkingskracht op de lagere sociale klassen. Veel veen-arbeiders in Drenthe en Groningen vonden er onderdak. Voor 1900 kwamen er gemeenten in Nieuw-Weerdinge en Valthermond, nadien in Emmer-Erfscheidenveen, terwijl na WO II baptisten zich verenigden in Assen, Nieuw-Buinen, Emmen, Hoogeveen, Klazienaveen en Coevorden.
Doopsgezinden - Na uitroeiing van de radicale wederdopers in de eerste helft van de 16e eeuw verenigden de gematigden zich onder Menno Simons. Ze heetten daarom ook wel menisten. Zij waren voor een volwassenendoop, tegen de eed en het dragen van wapenen en tegen het bekleden van overheidsgezag. In de 17e eeuw kwamen vanuit Friesland af en toe wat menisten naar Drenthe. De meesten vestigden zich echter in de Groninger Veenkoloniën. Pas in de 20e eeuw ontstonden enkele nieuwe gemeenten, en wel in Assen, Emmen, Roden en Meppel.
Lutheranen - Het aantal lutheranen is in Drenthe steeds klein geweest. Het monopolie van de staatskerk stond een expansie in de weg. In de 17e en 18e eeuw werden in Coevorden, Meppel, Hoogeveen en Assen regelmatig Luthersen aangetroffen. De lutherse gemeente in Meppel ging in 1825 samen met de hervormde gemeente. Nadien kwamen geen nieuwe gemeenten.
Joodse gemeenten - Vóór 1795 waren er in Drenthe drie Joodse Gemeenten gevestigd, namelijk in Coevorden, Hoogeveen en Meppel. De gemeenten hadden geen eigen besnijder, maar maakten gebruik van de diensten van de mohels uit Stad en Lande en Overijssel. Toen in de Franse tijd de beperkingen van de godsdienstoefeningen waren weggenomen, nam het aantal joden in Drenthe snel toe. In 1811 werd al op elf plaatsen de godsdienst uitgeoefend. In de 19e eeuw nam het aantal killen toe. Joodse gemeenten kwamen er in Assen, Smilde, Dwingeloo, Sleen en Beilen.
