Een groep van ca. 40.000 inwoners van Nederland, oorspronkelijk afkomstig uit het voormalig Nederlands-Indië, die in 1951, twee jaar na de soevereiniteitsoverdracht van dat gebied aan de republiek Indonesië, naar Nederland werd overgebracht. Eerder hadden Molukkers op 25 april 1950 op het eiland Ambon een eigen republiek uitgeroepen, de Republik Maluku Selatan (RMS), uit protest tegen de opheffing van de deelstaat Oost-Indonesië. Indonesië erkende deze afscheiding niet en sloeg deze met harde hand neer. De RMS moest Ambon verlaten en er volgde een jarenlange guerrilla op het naburige eiland Ceram.
De in ons land wonende Molukkers, ook wel Zuid-Molukkers of Ambonezen genoemd, zijn in hoofdzaak christen. Zij zijn met name afkomstig uit midden-Molukken. Slechts een minderheid is moslim of is afkomstig van andere eilanden, zoals Kei en Tanimbar. De oorzaak hiervan gaat terug naar de tijd van de Verenigde Oost-Indische Compagnie (VOC) toen Nederland het monopolie had over de handel in grote delen van de archipel. De bevolking werd gekerstend en wie zich bekeerde tot het christendom werd voorgetrokken boven de islamitische bevolking. Zo werden christen-Molukkers de Belanda Hitam, 'zwarte Nederlanders', die vanaf 1864 een rol gingen spelen voor het Nederlandse gezag. Over de gehele archipel werkten zij als predikant, onderwijzer of als militair in het KNIL, het Koninklijk Nederlands-Indisch Leger. Aan het einde van WO II riepen Soekarno en Hatta de republiek Indonesië uit. Molukse KNIL-militairen vochten in de voorste gelederen aan de zijde van de Nederlandse troepen. Ook tijdens de twee politionele acties waren het Molukkers die de kastanjes uit het vuur haalden.
Na de soevereiniteitsoverdracht in december 1949 kwamen de Molukkers in de knel. De KNIL-militairen kregen de kans in dienst te treden bij het Indonesische leger, waar tegen zij zo fel hadden gevochten. Velen zagen dat niet zitten en kwamen, in afwachting van hun demobilisatie, vast te zitten in kazernes op Java. Toen in april 1950 op Ambon de RMS werd uitgeroepen wilden veel militairen terug naar Ambon, maar dat werd door Soekarno om begrijpelijke redenen niet toegestaan. Hoewel de Nederlandse regering er niets voor voelde om de Molukkers op te nemen, bleef er uiteindelijk geen andere oplossing over. Nadat de Nederlandse rechter de staat der Nederlanden verboden had de Molukse militairen tegen hun zin op Java achter te laten, besloot de regering de ruim 4000 KNIL-militairen met hun gezinnen, in totaal ca. 12.500 mensen, - tijdelijk - naar Nederland te halen. Op de dag van hun aankomst werden de mannen ontslagen uit militaire dienst en met hun gezinnen gehuisvest in voormalige concentratiekampen (Westerbork en Vught) en talloze andere woonoorden.
De Molukkers voelden zich verraden door de Nederlandse regering. Zij hadden geen rechtspositie meer, ontvingen geen pensioen of wachtgeld, en kregen naast eten uit de gaarkeuken, slechts drie gulden zakgeld per volwassene. Ook mochten ze geen betaald werd verrichten. Een en ander leidde tot een compleet verstoorde verhouding met de Nederlandse regering.
Op Ceram werd ondertussen de vrijheidsstrijd voortgezet. In 1963 werd RMS-president Chris Soumokil door Indonesische troepen op Ceram gearresteerd en drie jaar later, in april 1966, geëxecuteerd. Deze daad zorgde voor een golf van verontwaardiging onder Molukkers in Nederland en jongeren namen de beslissing actie te gaan voeren. Het leidde in de jaren '60 en '70 tot bezettingen, gijzelingen en kapingen in Den Haag, Amsterdam en met name in de provincie Drenthe.
Mede als reactie op deze acties bracht de regering in 1978 de Molukkersnota uit, waarin aandacht werd geschonken aan de zwakke sociaal-economische positie van Molukkers. De werkloosheid werd met succes aangepakt en ook in de Molukse samenleving kwam een veranderingsproces op gang. De verbetering van de onderwijs-en arbeidsmarktpositie ging gepaard met toenemende contacten met autochtone Nederlanders. Ook de Molukse samenleving onderging een verandering. Was men eerst vooral gericht op het politieke ideaal van een vrije RMS, nu is dat minder dominant aanwezig. Daar is grote belangstelling voor de culturele 'roots' voor in de plaats gekomen. Ook wordt positieverbetering in Nederland nu belangrijker gevonden. Toch heeft recent onderzoek aangetoond dat de integratie van de derde generatie Molukkers de laatste jaren stagneert.
President van de Molukse RMS-regering in ballingschap is sinds 2010 John Wattilete, hij volgde dr. F. Tutuhatunewa op. Voor hem waren dat ir. J.A. Manusama (1966-1993), mr. dr. Chr. Soumokil (1952-1966) en J.H. Manuhutu (1950-1952).
